Sekretariat Badan dipimpin oleh seorang Sekretaris yang mempunyai tugas pokok melaksanakan pembinaan dan pelayanan teknis administrasi kepada seluruh satuan organisasi dalam lingkungan Badan yang meliputi 2 (dua) Sub bagian yaitu Sub Bagian Penyusunan Program dan Keuangan dan Sub Bagian Umum dan Kepegawaian.
Untuk menyelenggarakan tugas pokok di atas, Sekretaris mempunyai fungsi sebagai berikut:
a. Pelaksanaan penyusunan Rencana Strategis, Rencana Kerja Tahunan dan Penetapan Kinerja lingkup Badan;
b. Pelaksanaan penyusunan Rencana Kerja Anggaran/Dokumen Pelaksanaan Anggaran (RKA/DPA) dan Program Kerja Badan;
c. Pelaksanaan kegiatan penyusunan program dan anggaran, keuangan dan perlengkapan dan ketatausahaan Badan yang meliputi urusan perbendahaaraan, akuntansi, verifikasi, ganti rugi, tindak lanjut Laporan Hasil Pemeriksaan (LHP), perlengkapan, rumah tangga, kepegawaian, hukum dan organisasi, serta hubungan masyarakat;
d. Pelaksanaan pelayanan teknis administratif kepada seluruh unit kerja lingkup Badan;
e. Perumusan pedoman dan petunjuk tata laksana administrasi umum;
f. Pengkoordinasian penyusunan Standar Pelayanan Minimal dan Standar Operasional Prosedur dalam pelaksanaan kegiatan lingkup Badan;
g. Perumusan dan penjabaran kebijakan teknis penyelenggaraan administrasi umum, perencanaan, keuangan, kepegawaian dan perlengkapan;
h. Pengkoordinasian penyusunan laporan pelaksanaan tugas Badan;
i. Pengkoordinasian pelaksanaan pengembangan sistem informasi manajemen pendidikan sesuai ketentuan yang berlaku;
j. Pelaksanaa koordinasi, konsultasi dan sinkronisasi penyelenggaraan tugas kesekretariatan dengan Perangkat Daerah dan/atau instansi terkait;
k. Pelaksanaan pengaturan, pembinaan dan pengelolaan administrasi umum, perencanaan, keuangan, kepegawaian dan perlengkapan;
l. Pelaksanaan monitoring, evaluasi dan pelaporan pelaksanaan tugas kesekretariatan;
m. Pelaksanaan tugas-tugas lain yang dilimpahkan oleh atasan sesuai dengan bidang tugasnya.
Dalam menjalankan fungsi di atas, Sekretaris dibantu oleh 2 (dua) Sub Bagian, yang terdiri dari:
1) Sub Bagian Penyusunan Program dan Keuangan
2) Sub Bagian Umum dan Kepegawaian